Krajowy System e-Faktur będzie obowiązywał dla największych przedsiębiorców już od 1 lutego 2026 roku (jeśli przekroczyli 50 mln Euro obrotu wraz z podatkiem VAT za 2024 rok), a dla mniejszych przedsiębiorców już od 1 kwietnia 2026 roku, w zakresie wczytywania faktur sprzedażowych zarówno przez aktywnych podatników VAT jak i zwolnionych z art. 113 ustawy VAT zgodnie z art. 106ga ustawy VAT.
Istnieje możliwość wyłączenia z obowiązku wczytywania do KSeF faktur wystawianych na rzecz konsumentów nieprowadzących działalności gospodarczych oraz rachunków wystawianych zgodnie z art. 87 ordynacji podatkowej. Do końca 2026 roku można również używać faktury uproszczone/paragony fiskalne wystawione zgodnie z art. 106e ust. 5 pkt. 3 ustawy VAT (do 450 zł z NIP nabywcy). Podatnicy, u których wartość sprzedaży (z VAT) w danym miesiącu nie przekracza 10 000 zł, otrzymali odroczenie obowiązku do 1 stycznia 2027 roku w zakresie wczytywania swojej sprzedaży do KSeF.
Jednak przedsiębiorcy, którzy myślą o zastąpieniu wystawianych faktur zwolnionych z VAT (art. 113) rachunkami, powinni być ostrożni. Rachunki te można wystawić wyłącznie w sytuacjach, jeżeli z odrębnych przepisów nie wynika obowiązek wystawienia faktury. Taka sytuacja może mieć miejsce, np. kiedy na żądanie osoby fizycznej przedsiębiorca wystawia rachunek zamiast faktury. Wykluczenie w zakresie obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych dotyczy podatników korzystających z art. 113 a ustawy VAT, nie ma zaś wykluczenia dla podatników korzystających ze zwolnienia z art. 113 tej ustawy.
W interpretacji indywidualnej z 27 października 2025 r. Dyrektor KiS (sygn. 0112-KDIL1-3.4012.657.2025.2.MR) potwierdził, że podatnik będzie mógł nadal dokumentować świadczone usługi poprzez wystawienie rachunku, o którym mowa w art. 87§1 Ordynacji podatkowej. Należy jednak pamiętać, że jako podatnik korzystający ze zwolnienia, o którym mowa w art. 113 ust. 1 i 9 ustawy, na żądanie nabywcy będzie zobowiązany do wystawienia faktury ustrukturyzowanej dokumentującej wykonane przez siebie usługi.
Celem ustawodawcy w zakresie wprowadzenia obowiązku wczytywania faktur również przez podatników zwolnionych była m.in. weryfikacja ich obrotów, tzn. czy nie przekraczają limitu obowiązującego w danym roku oraz czy nie sprzedają usług ani towarów, które wymagają rejestracji do VAT przed ich pierwszą sprzedażą. Nie jest więc zalecane, żeby całkowicie zastąpić faktury ze stawką zwolnioną VAT – rachunkami, a jedynie stosować je w sytuacjach, kiedy nabywca nie potrzebuje faktury.
dr Małgorzata Rzeszutek
doradca podatkowy

